Los principales desafíos abordados por Ceibal en casa estuvieron relacionados con la provisión y adaptación equitativa de infraestructura y recursos pedagógicos, además de atender el impacto socioemocional causado por el aislamiento social.
La mayoría de las dificultades fueron solucionadas mediante planes de contingencia, que incluyeron cooperaciones entre diversas áreas de gobierno y, en algunos casos, con el sector privado. Por ejemplo, Ceibal en casa concretó un acuerdo con ANTEL, la empresa estatal proveedora de internet y líder del mercado, y con la empresa de telecomunicaciones Claro, en manos privadas, sin costo o con tarifa reducida sobre los datos móviles consumidos para acceder a recursos y plataformas educativas. Esto fue fundamental para garantizar la igualdad de oportunidades.
Asimismo, se diseñó y se puso en práctica un procedimiento especial de contingencia para entregar computadoras a los estudiantes, manteniendo en todo momento el distanciamiento físico. Esto fue clave para llegar a estudiantes de zonas rurales y comunidades desfavorecidas. Además, rápidamente se crearon procesos y protocolos para sostener y ampliar servicios con la mayoría del personal -95%- trabajando de forma remota, y sólo una pequeña porción – 5 %- en modalidad presencial, para cubrir tareas esenciales, como la reparación de computadoras. Esto fue posible gracias a los sistemas virtuales adoptados previamente por el Plan Ceibal y a la capacidad de gestión y adaptación de sus equipos de trabajo.
Fue fundamental aumentar la capacidad de la infraestructura tecnológica en un 400% y rediseñar la arquitectura para aumentar las funciones de concurrencia. Los trabajos de mantenimiento se realizaron durante la noche a fin de evitar la interrupción del servicio durante las horas de mayor tráfico. Además, para afrontar la creciente demanda de atención al cliente, Ceibal en casa puso en marcha una herramienta automatizada para el usuario final que incluía funciones de configuración de cuentas y restablecimiento de contraseñas.
En lo que respecta a los aspectos pedagógicos, la implementación de Ceibal en casa también requirió de capacitación a docentes y la ampliación de oferta de contenidos, a través de diversos canales de comunicación. Se ofreció formación específica para mejorar la interacción con los estudiantes a través de plataformas digitales, además de campañas de comunicación y estrategias de distribución de recursos educativos presentados de modo visible, accesible y fácil de usar.
También se trabajó en el impacto socioemocional causado por el aislamiento social. Ceibal en casa se enfocó en brindar apoyo y en suministrar información relevante en materia de bienestar durante la pandemia. El público objetivo de estas actividades estuvo compuesto por docentes, estudiantes y sus familias, a quienes se llegó principalmente a través de canales de comunicación digitales -incluyendo sitios del Plan Ceibal y redes sociales- con mensajes específicos según sus necesidades. También se trabajó con socios estratégicos, como ANEP -Administración Nacional de Educación Pública- y UNICEF, para la elaboración conjunta de la guía “Apoyo psicoemocional para familias durante la cuarentena por el coronavirus”, que presentó orientaciones para transitar la cuarentena atendiendo al bienestar social. 
