La Fundación Ceibal colabora con el sector público, organizaciones no gubernamentales y redes de investigación e innovación nacionales e internacionales. Además, cumple un rol fundamental en la colaboración regional y la investigación y el desarrollo de políticas públicas basadas en evidencias en América Latina y el Caribe. La Fundación creó y coordina la Alianza para la Digitalización de América Latina (ADELA), en colaboración con IDRC Canadá, a cargo de la financiación de la iniciativa.

La Fundación ha colaborado con más de 150 instituciones de 27 países de América, Europa y Asia. También ha desarrollado iniciativas con el apoyo de organizaciones internacionales, como el Banco Interamericano de Desarrollo (BID) y el International Development Research Centre of Canada.